創建年代は不詳だが、かつては現在地より三町（約327m）東にあり、法雲山米山寺という名称であった。暦応2年（1339年）、夢窓国師によって伽藍が完成される。永正年間には土岐氏が祈願所と定め、寺領を寄進されるも、次第に廃れていった。明応2年（1493年）、東陽英朝が住持として入り、妙心寺派になる。
天正18年（1590年）、稲葉方通が移ってきて領主になると菩提寺に定め、慶長5年（1600年）には父・良通（一鉄）の13回忌を行うにあたって現在地へ移し、寺号も正傳寺と改めた。このとき惟天和尚を中興開山とした。移転前の土地は現在も字米山寺という。
その後無住となったが、元和3年（1617年）に大円宝鑑国師が再興した。
