当神社は、八幡3座を主祭神とし、古の海部郡衣奈荘（旧衣奈村・白崎村）の氏神であり、貞観2（860）年に創建された南海道で最も古い八幡宮の一つである。
鎮座の由来は『衣奈八幡宮縁起絵巻』によれば、「誉田別命、紀の水門（現在の大引浦）に上らせ給いし時、土豪岩守（上山氏の祖）これを迎え、大御酒、和布を奉る、命大に嘉し給いて岩守に［登美］の姓を賜い、この地を領せしむ、岩守これより命を衣奈の地に導き、行宮を設けたり（この行宮の跡が鎮座地である）、（大引）の地名はこの時奉る大御酒より起れり、（衣奈）の地名は、命の［胞衣（えな）］を埋めし故なりと…」。
社殿の傍に瑞石あり、「胞衣塚」と云う、安産の守石として信仰されている。
以後、室町・戦国時代には湯川氏の祈願所として崇敬篤く、氏子も又進取の気を持ち、紀伊水道の要衝を扼して海上に活躍、岩守の子孫も衣奈荘下司職・八幡宮神職として威を振いし為、社運隆昌（本殿・拝殿・末社17社始め楼門・中門・舞台・僧座・中座等が建ち並び本坊極楽寺始め6坊を有し、神主12人、神子3人、社僧20人が仕えた）を見たが、天正13年兵火に罹りて、社殿悉く焼失、其の後、徳川頼宣公紀伊国主として入国するや当社も再建されたが、旧観を復するに至らなかった。
その後、歴代藩主の尊崇篤く、例祭には名代を遺わし、臨時の祈願には、郡内では当社を祈願所とした。
明治に至り、神宮寺が廃せられ、43四年に氏子区域内の小社22社を本殿に合祀した。
（例祭）
祭礼に当り、下司上山氏7度半の使をうけ、24家の座衆と共に出社し、斎行する。
神賑行事は、誠に優美で、神事「神の相撲」を始め、衣奈（打ち囃し、稚子踊り）、小引、戸津井（童子相撲）、三尾川（餅搗踊）、神谷（稚子踊）、大引（打ち囃し）、神谷（稚子踊り）、吹井（唐船）などが奉納され、「えなまつり」として名高い。（和歌山県神社庁ＨＰ）
